Los resultados electroforéticos precisos y reproducibles dependen de la calidad del agua utilizada en el análisis. La elección del tipo de agua se basa en los requisitos específicos de la aplicación de electroforesis. Para la electroforesis rutinaria en gel de agarosa, el agua de tipo II puede ser adecuada, mientras que las técnicas de alta resolución, como la electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE), a menudo exigen el uso de agua apirógena, ultrapura de tipo I.