La qualité de l'eau utilisée pour l'électrophorèse est essentielle pour obtenir des résultats précis et reproductibles. L'eau joue un rôle clé dans la préparation des gels, des tampons et des solutions courantes. L'eau impure peut introduire des contaminants qui affectent la mobilité des molécules pendant l'électrophorèse, ce qui entraîne des bandes déformées et des données peu fiables.