A qualidade da água usada na eletroforese é fundamental para obter resultados precisos e reprodutíveis. A água é um componente essencial na preparação de géis, tampões e soluções operacionais. A água impura pode introduzir contaminantes que afetam a mobilidade das moléculas durante a eletroforese, resultando em bandas distorcidas e dados não confiáveis.