Die Qualität des bei der Elektrophorese verwendeten Wassers ist entscheidend, um genaue und reproduzierbare Ergebnisse zu erzielen. Wasser ist ein wichtiger Bestandteil bei der Herstellung von Gelen, Puffern und Lauglösungen. Durch verunreinigtes Wasser können Verunreinigungen eindringen, die die Mobilität von Molekülen während der Elektrophorese beeinträchtigen, was zu verzerrten Banden und unzuverlässigen Daten führt.