Dans les applications de PCR, l'obtention de résultats précis et reproductibles dépend de la qualité de l'eau utilisée pour l'analyse. La sélection de l'eau est guidée par la sensibilité des méthodes de PCR utilisées. Pour les techniques exigeant une spécificité élevée, telles que la PCR quantitative (qPCR), l'utilisation d'eau ultrapure apyrogène de type I est fortement recommandée.