Nelle applicazioni di PCR, il raggiungimento di risultati accurati e riproducibili dipende dalla qualità dell'acqua utilizzata nell'analisi. La selezione dell'acqua è guidata dalla sensibilità dei metodi PCR impiegati. Per le tecniche che richiedono un'elevata specificità, come la PCR quantitativa (qPCR), si raccomanda vivamente l'uso di acqua ultrapura apirogenica di tipo I.